可變剪切模型可視化
上圖左下角和右下角的數字分別代表該基因的起始位點和終止位點。該圖一共分4行，第一行為以該基因的注釋文件作出的基因模型，第二行為根據測序結果與注釋文件共同作出的基因模型，第三行也是根據測序結果與注釋文件共同作出的基因模型，與第二行不同的是只是畫出isoform，第四行則是測序文件中支持各外顯子的reads數目。灰色的五邊形代表外顯子，它們之間的連線表示不同的剪接方式。紫色背景表示有外顯子出現的區域（這其中包括保留的內含子），白色背景表示沒有外顯子出現的區域（即內含子區域）。圖中白色背景的寬度并不代表真實的內含子長度，由于有的基因內含子區域遠比外顯子區域長，為了更清楚地展示可變剪切模型，內含子區域會被縮短很多。
融合基因染色體分布
內圈以連線的形式展示了融合基因的兩個組成基因在染色體上的分布位置，外圈則以散點圖的形式展示了各位點上的基因成為多少種融合基因的組成成分的情況。
