2023-04-20
福爾馬林固定、石蠟包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE) 組織是生物學尤其是醫學領域常見的組織保存形式，但是這一保存方式存在著DNA/RNA 降解的情況，導致FFPE樣本的檢測手段非常受限。Visium FFPE 空間基因表達分析作為一種突破性的解決方案，將組織學技術的優勢與RNA測序的高通量和發現能力融入FFPE組織樣本中，可對病理學家主導的傳統分析進行補充。它能夠以高分辨率對整張組織切片進行分析，從空間上分析人和小鼠FFPE樣本中超過18,000個基因的RNA表達。前面小派已介紹，10x Genomics 公司再一次對技術進行了革新，CytAssist 空間轉錄組平臺應運而生。它不但可以解決傳統 Visium 產品中 FFPE 樣本在應用中的難點，而且擁有更好的數據產出。
Visium CytAssist 是一款輕便小巧且易于攜帶的臺式儀器，和全新升級試劑v2.0搭配，它可以將普通玻片上FFPE組織切片的轉錄組信息轉移到10x Visium基因表達捕獲玻片上，從而實現整合組織學信息與轉錄組信息的目的。目前CytAssist同時兼容H&E染色和免疫熒光染色（IF）的FFPE樣本。 CytAssist便攜式儀器（來自10x官方資料） 技術原理 首先，對普通玻片上面的FFPE組織切片進行脫蠟、成像、解交聯和探針雜交，在探針雜交后，將兩張標準載玻片和一張含兩個捕獲區域（6.5 mm x 6.5 mm 或者 11 mm x 11 mm）的Visium玻片放入CytAssist儀器中，使普通玻片上的組織切片與2個Visium捕獲區域對齊后通過CytAssist儀器捕捉明場圖像。接下來，通過運行CytAssist將普通玻片上的轉錄組信息（選定目標區域的探針）原位轉移到基因表達芯片的捕獲區域。在捕獲區域中，通過帶有不同位置標簽的探針獲取所研究區域的轉錄組信息（探針釋放和捕獲），從而獲取樣本切片不同空間位置的轉錄本的表達水平。最后，把基因表達芯片從儀器中取出，進行后續探針延伸及文庫構建。 基于CytAssist的FFPE空間轉錄組解決方案工作流程（來自10x官方資料） 技術優勢 兼容的樣本類型更加豐富 適用于新鮮樣本、普通石蠟塊組織、存檔的玻片樣本、已經通過H&E染色或者免疫熒光染色貼在普通玻片上的樣本等。通過 Visium CytAssist 系統將分析物轉移到 Visium 建庫芯片上，進一步擴展了樣本類型。 基因檢測靈敏度和特異性更高 采用了新的探針設計，對于約90%的基因設計了三對探針對，對于一些高表達的基因設計了一對探針，具有高靈敏度和高特異性。較高的基因捕獲數可以使得注釋的細胞種類和基因種類更多。 樣本質控要求降低 質檢標準降低為 DV200>30%（DV200表示大于200個核苷酸的RNA片段占所有 RNA片段的百分比），可檢測更多高降解度的樣本。升級后的玻片對組織的粘附性更高，不用再做預測試即可開展正式實驗。但是，對于一些特殊樣本，比如含有骨組織的樣本，即使貼片使用的是10x官方推薦的品牌，也難免會出現在轉片前的實驗過程中出現脫片的可能。 芯片配置更靈活 兼具 6.5 mm*6.5 mm 和 11 mm*11mm 兩種規格，方便研究者根據組織塊大小靈活選擇感興趣的病理區域，適用于更多組織類型。 湊片更自由 一張芯片從四個點陣減少至兩個點陣，不再擔心湊樣難的問題。助力實驗快速高效進行。 數據展示 對于人類卵巢癌10×官方測試數據展示，使用CytAssist的組織測序數據的利用率更高，獲得更多的差異表達基因數量，從而獲取更多有意義的信息。 10×官方人卵巢癌測試數據（來自10x官方資料） 送樣要求 ?石蠟包埋樣本厚度需>3 mm，客戶按照自己所需的方位要求，自行包埋并做好標記。 ?貼好的白片、做過 H&E 染色的切片厚度均4-5um ，需準備20-30張貼片;若樣本微小或其他特殊樣本，請提前與實驗室溝通，確定方案。 ?石蠟包埋/切片樣本，均需避光常溫運輸。如遇天氣炎熱，可放 2-4 個冰袋。對于特殊樣本或者客戶首次寄送樣本的情況，請提前與實驗室技術人員溝通，確保項目順利進行。
