2019-05-29
很多(duo)老(lao)師有沒有一種感慨，辛辛苦苦做完實驗設計，測序工作(zuo)，數(shu)據分析(xi)和文章撰寫(xie)，在文章發(fa)表的前夕，還有一項磨人的工作(zuo)不(bu)得不(bu)做，那就是(shi)數(shu)據上傳。
為什么要進行數據上傳？
數據上傳到哪里？
怎么進行(xing)數據上傳？?
突然之間的三連問是不是有點懵，不要(yao)怕，本篇軟文(wen)就來帶領大家梳(shu)理這些(xie)問題，數據上傳So easy~
為什么(me)要進行數據上(shang)傳(chuan)？
簡單來說，為了(le)發表文章，但根(gen)本原因是為了(le)幫助大家(jia)管(guan)理這些動輒幾十(shi)個G或者幾T的數(shu)據，同時(shi)實現科研共(gong)享。
數據上(shang)傳到哪里？
這里建議將數(shu)據(ju)(ju)上(shang)傳(chuan)到NCBI的(de)(de)SRA數(shu)據(ju)(ju)庫(ku)。NCBI SRA（Sequence Read Archive）數(shu)據(ju)(ju)庫(ku)是(shi)最常用的(de)(de)存放測(ce)序Raw Reads的(de)(de)數(shu)據(ju)(ju)庫(ku)（當然還有GEO等(deng)其他大的(de)(de)相關的(de)(de)上(shang)傳(chuan)數(shu)據(ju)(ju)的(de)(de)數(shu)據(ju)(ju)庫(ku)，大家感興趣的(de)(de)可(ke)以自行檢索）。
將測序數據(ju)上傳至該(gai)數據(ju)庫(ku)，可分為(wei)4大步(bu)：
? 注冊并登錄NCBI賬號；
? 申請(qing)BioProject號(hao)；
? 申請BioSample號；
? 創建SRA提交任務。?
搞(gao)清(qing)楚這4大(da)步，上傳過程不復雜(za)！
一 注(zhu)冊并登(deng)錄NCBI賬號(hao)
網(wang)址：//www.ncbi.nlm.nih.gov/
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打開網址，點(dian)擊右(you)上(shang)角(jiao) Sign in to NCBI；
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點擊注(zhu)冊賬號 Register for an NCBI account；
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填寫賬號(hao)郵箱(xiang)等信息(xi)，點擊 ;Create accout 完成(cheng)注冊。
二 申請BioProject號
登錄賬號后，打(da)開網址//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/，并進(jin)入，界面(mian)如下。
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點擊 BioProject，再點擊 New submission。BioProject：主要描述測序項目(mu)的(de)(de)(de)研究目(mu)的(de)(de)(de)，不同類型的(de)(de)(de)數據（如基因(yin)組和轉(zhuan)錄組）可以(yi)(yi)都放到(dao)一個BioProject下(xia)。申請成功(gong)后，NCBI會給(gei)一個類似PRJNA544896這(zhe)樣(yang)的(de)(de)(de)號(hao)，申請過程任何遇到(dao)問(wen)題(ti)，可以(yi)(yi)寫信給(gei)他(ta)們的(de)(de)(de)工作人員(yuan)（genomeprj@ncbi.nlm.nih.gov），很快就能收到(dao)回復；
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SUBMITTER，填寫信息，完(wan)成后點擊continue。
注(zhu)：Submitting organization：提交組(zu)織、機構或者學(xue)校等研究單位。Department：實驗室或課題組(zu)或科(ke)室名稱(cheng)。
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SAMPLE TYPE，選擇數據類型。轉(zhuan)錄組數據選擇第(di)二個，其它數據視實際情況(kuang)選擇。Sample scope選擇Multiisolate。點擊continue；
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輸入測序數據的(de)物種拉丁名（必填），如果是微生物細菌，還需要填寫菌株的(de)名稱(cheng)。分離提(ti)取或培養組織名稱(cheng)等，簡單描(miao)述，此處(chu)可省略(lve)。點擊continue；
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填寫(xie)project釋放時間(jian)，如沒(mei)有(you)特(te)殊要求，一般為(wei)立即釋放，Public description，主要寫(xie)數(shu)據測(ce)(ce)序目的，測(ce)(ce)序組織等(deng)。此(ci)處必(bi)須填寫(xie)。點(dian)擊continue；
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填寫Biosample。此處省略，直接continue。因為上傳步驟一般(ban)先申(shen)請Bioproject號，再申(shen)請Biosample號。點(dian)擊continue；
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如果文章(zhang)已經發出，可(ke)以填寫Pubmed ID或(huo)者文章(zhang)的DOI。點擊(ji)continue；如果文章(zhang)還(huan)未發出，可(ke)以不填。
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確認填寫的信息(xi)，點擊submit后提交完(wan)成。
至此Bioproject號申請完成(cheng)，會立即收到郵件(jian)。
三 申(shen)請BioSample號(hao)
打開網(wang)址//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/。這與BioProject號(hao)不同(tong)，這里要求(qiu)每個樣品申請一個biosample號(hao)。
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點擊(ji)BioSample后，在新的界面點擊(ji)New submission；
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SUBMITTER，填(tian)寫信息(xi)。同BioProject。點擊continue；
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GENERAL INFO，同BioProject，多個樣品(pin)選擇Batch/Multiple Bio Samples。點(dian)擊continue；
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SAMPLE TYPE，選(xuan)(xuan)擇(ze)樣(yang)品的類(lei)型，植物(wu)、動物(wu)、人等，選(xuan)(xuan)擇(ze)和自(zi)己樣(yang)品分(fen)類(lei)一(yi)致(zhi)的選(xuan)(xuan)項即可。點擊continue；
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ATTRIBUTES，上傳(chuan)樣(yang)品(pin)(pin)(pin)信(xin)息(xi)表。點擊(ji)(ji)紅色(se)箭(jian)頭(tou)處，下(xia)載信(xin)息(xi)模(mo)(mo)板。點擊(ji)(ji)綠色(se)箭(jian)頭(tou)處，可以(yi)(yi)查看模(mo)(mo)板中每(mei)一(yi)項表頭(tou)的解釋，得(de)知如(ru)(ru)何填寫(xie)樣(yang)品(pin)(pin)(pin)信(xin)息(xi)表。excel可直接打開下(xia)載的模(mo)(mo)板，如(ru)(ru)圖：表格(ge)綠色(se)部分必填，黃色(se)部分選(xuan)填，藍色(se)表示這些字段中至少有(you)(you)一(yi)個(ge)是(shi)必需的，如(ru)(ru)果信(xin)息(xi)不可用(yong)，請根據情況輸入“未收集”、“不適用(yong)”或(huo)“缺少”。。每(mei)個(ge)樣(yang)品(pin)(pin)(pin)生成一(yi)個(ge)文件（先填寫(xie)一(yi)個(ge)文件試著(zhu)上傳(chuan)，如(ru)(ru)果有(you)(you)報錯(cuo)可以(yi)(yi)修改，之后只(zhi)需改動樣(yang)品(pin)(pin)(pin)名即(ji)可）。點擊(ji)(ji)continue；
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確認填寫的信息，點擊submit后(hou)提交完成。幾分(fen)鐘內就(jiu)會收到(dao)郵(you)件，包(bao)含BioSample號。
四 創(chuang)建SRA提交任務
打開網址//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/，并進入。
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點擊SRA，New submission。文(wen)件(jian)可(ke)以用gzip或者bzip2壓縮，不能用zip壓縮。注：所有文(wen)件(jian)名(ming)必(bi)須唯一不可(ke)重名(ming)；
2
SUBMITTER，填寫信息(xi)，同BioProject號申請。點擊continue；
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GENERAL，填寫(xie)申請好的(de)BioProject號及數據釋放時(shi)間(jian)。點擊(ji)continue；
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METADATA，上傳文(wen)件信息表(biao)。點擊(ji)箭頭處(chu)，下(xia)載表(biao)格(ge)模板，并按照(zhao)介紹(shao)填(tian)寫（每一列都(dou)必填(tian)），填(tian)寫完成(cheng)后在(zai)瀏覽處(chu)上傳表(biao)格(ge)，點擊(ji)continue。
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FILES，上傳(chuan)壓縮(suo)好的原(yuan)始數據(ju)(ju)，如果(guo)文件大于10GB，或者(zhe)多于300個(ge)文件，不能用網頁(ye)(ye)上傳(chuan)，可安裝Aspera插(cha)件后上傳(chuan)。點擊箭頭處下載插(cha)件，安裝后回到(dao)網頁(ye)(ye)繼(ji)續上傳(chuan)。由于測序(xu)數據(ju)(ju)較大，網速的限制等(deng)原(yuan)因，這個(ge)過(guo)程所需(xu)時間可能較長，還請(qing)大家耐(nai)心等(deng)待哦。
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OVERVIEW，確認填(tian)寫的信(xin)息，提交。
完成了前(qian)面的(de)(de)四個步驟，所有的(de)(de)操(cao)作就(jiu)已(yi)經(jing)完成了，靜靜等待(dai)NCBI發送序列號郵件就(jiu)可(ke)以了。
歡迎大家學(xue)習和嘗試(shi)前往NCBI上傳原始(shi)數據(ju)，測序文章的成功發表，離不開數據(ju)的成功上傳，大家加油~~
