腸道是人體重要的消化器官,組織結構由內向外分為粘膜層,粘膜下層,肌層和固有層。這些不同的組織結構在消化、營養吸收、代謝和免疫調節中發揮著不同的作用。目前單細胞測序技術的飛速發展,為解析腸道細胞的異質性、揭示腸道疾病機制提供了強大的工具。今天,小編就來為大家分享腸道組織樣本的解離方案,助力您的單細胞研究!
一、解離方案
1.樣本處理
取出的腸道組織立即放入預冷的PBS中,縱向剪開,用預冷PBS清洗腸道內容物。然后轉移至新的PBS中,在沖洗一遍,放入組織保護液中。
2.組織解離
配置兩種酶液:
酶液Ⅰ:PBS+10mM EDTA+10mM HEPES
酶液Ⅱ:DMEM+1mg/ml 膠原酶Ⅱ+1mg/ml 膠原酶Ⅳ+20U/ml DNAse Ⅰ
首先使用酶液Ⅰ在37度水浴鍋中消化15min,然后使用100um 濾膜過濾,此時過濾后的懸液大部分都是上皮細胞,然后濾膜上的組織再次使用酶液Ⅱ進行消化,37度消化30min,然后使用100um 濾膜過濾。兩步過濾后的懸液合并,4度離心,300g 5min。
3.紅細胞裂解
離心后棄上清,加入3ml紅細胞裂解液,冰上裂解5min,使用DMEM+1%FBS 終止裂紅,使用30um 濾膜過濾,4度離心,300g 5min。
4.清洗
棄上清,使用DMEM+1%FBS清洗,4度離心,300g 5min。
5.質檢
棄上清,使用合適體積的DMEM+1%FBS重懸,AOPI計數,臺盼藍鏡檢細胞狀態及碎片情況。
二、常見問題及解決方案
1.腸道樣本線粒體基因占比高怎么辦?
通過使用美天旎去死細胞磁珠去除可能正在凋亡的細胞
2.腸道微生物污染怎么辦?
腸道微生物較多,可在解離前多沖洗幾遍,后續解離中加抗生素
三、結果展示
活率:91.54% 濃度:1270個/ul 總細胞數:63.5萬
活率:96.93% 濃度:995個/ul 總細胞數:15萬
活率:89.25% 濃度:1080個/ul 總細胞數:54萬