糞便基因組提取是腸道微生物研究、疾病診斷和健康評估的重要基礎。無論是科研還是臨床應用，獲取高質量的糞便基因組DNA至關重要。今天，我們就來全面解析糞便基因組提取的全過程，從樣本采集、前處理、保存到試劑盒選擇和質量評判。

一、糞便樣本采集：第一步關鍵操作

采集原則： 糞便樣本采集必須遵循"清潔、準確、及時"三大原則。避免尿液、水、血液和化學物質的污染是保證樣本質量的關鍵。

常用采集方法：

1. 保鮮膜法：將馬桶圈提起來，用保鮮膜完整覆蓋馬桶，給臀部留出一定空間，讓其下垂到馬桶內部約三分之一的位置。這樣可避免樣本與馬桶水接觸。

2. 專用容器法：使用無菌、無DNA酶、無RNA酶的專用容器直接采集。采集時應選取膿、血、黏液部分或糞便表面、深處及糞端多處取材。

3. 取樣量：一般采集量不少于5克，但對于基因組提取，通常50-200毫克即可。

二、樣本前處理：精細操作決定提取質量

基本前處理步驟：

1. 均質化：將糞便樣本與PBS溶液（PH7.2-7.4，濃度0.01mol/L）按1：9的比例混合，充分振蕩均勻。

2. 離心：3000轉離心2-3分鐘，取上清進行后續操作。

3. 破壁處理：對于細菌壁較厚的革蘭氏陽性菌、真菌、細菌芽孢等，需要進行液氮反復研磨破壁處理。

前處理注意事項：

• 處理過程中應始終保持樣品浸于裂解緩沖液中

• 若樣品黏附在管蓋及內壁，可通過短暫離心進行處理

• 避免使用含氯的任何溶液清潔容器

保存條件：

1. 短期保存：采樣周期1周內，可以在2-8℃條件下保存。

2. 中期保存：取樣周期一個月內，建議-20℃保存。

3. 長期保存：取樣周期超過1個月，保存在-80℃冰箱。

三、選擇合適的提取試劑盒是獲取高質量糞便基因組DNA的關鍵

四、提取后的糞便基因組DNA需要進行質量檢測，以確保下游實驗的可靠性

主要質量指標：

1. 濃度和純度：

• 使用分光光度計檢測OD260/280比值，優質DNA應在1.7-1.9之間

• OD260/230比值也應保持在1.7-1.9之間

2. 完整性：

• 通過瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA完整性

• 新鮮樣本提取的基因組DNA片段大小應在23kb附近

3. 產量：

• 糞便基因組DNA產量因樣本來源、存放時間和水分含量等因素而異

• 通常200mg糞便樣本可提取4-6μg DNA

4. 下游應用性能：

• PCR擴增效率

• 測序文庫構建成功率

• 
  

五、常見問題與解決方案

問題1：DNA得率低

• 可能原因：樣本保存不當、裂解不充分、吸附柱過載

• 解決方案：確保樣本新鮮或正確保存、充分均質化、減少樣本起始量

問題2：DNA純度低

• 可能原因：污染物殘留、抑制劑去除不徹底

• 解決方案：確保洗滌步驟徹底、增加洗滌次數、使用適當的純化方法

問題3：DNA降解

• 可能原因：樣本保存時間過長、反復凍融、操作過于劇烈

• 解決方案：使用新鮮樣本、避免反復凍融、輕柔操作

六、結 語

糞便基因組提取是腸道微生物研究的基礎，每個環節都至關重要。從采集開始就要嚴格控制質量，遵循標準化操作流程，選擇合適的提取試劑盒，并進行嚴格的質量評判，才能獲得高質量的糞便基因組DNA，為下游實驗提供可靠保障。隨著技術的不斷發展，糞便基因組提取方法也在不斷改進，未來必將出現更高效、更穩定的提取方法，進一步推動腸道微生物研究領域的發展。派森諾竭誠為大家提供國內外品牌糞便基因組提取試劑盒，助力每一位生命科學實驗室的科研人收獲屬于自己的完美實驗結果，逐夢高分文章~