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科研必備6大類圖表:選對工具,效果事半功倍

2025-08-28

本文介紹六款分屬不同領域的分析圖表:

差異箱線圖用于統計比較;交互熱圖解析相關性;韋恩圖展示集合關系;網絡熱圖展示組學內及組學間的關聯關系;KEGG分析揭示功能富集;交互PCA圖實現數據降維。它們為您提供從基礎統計到生物信息學的多種分析場景。

一、差異檢驗箱線圖

用于比較兩組或多組數據的分布差異,并標注統計顯著性(如P值)。

圖表顏色

可切換不同的色卡,運用在圖表上

面板設置

設置每個分組的面板的寬度

二、交互熱圖

展示多個樣品之間的關系或相關性。顏色(紅色表示正值 / 藍色表示負值)越紅表示正相關越強,越藍表示負相關越強,可快速識別樣品間的相似性與差異性。

單元格樣式

支持正方形、顏色、橢圓、數字

聚類顯示

支持對行和列、僅行、僅列進行聚類,也可選擇不聚類。

名稱顯示

靈活控制行、列標簽的顯示方式

單元格寬高設置

根據需要調整單元格的寬高

衍生圖表類型:

  • 交互環形熱圖:節省空間,適合展示多層級數據(如基因組環狀結構)。

  • 交互熱圖柱狀圖:整合熱圖與柱狀圖,同時展示矩陣分布和統計信息。

三、韋恩圖

通過圓形的重疊關系展示有限集合(通常為2–5個)之間的邏輯關系及共同元素數量。

圖表類型

經典韋恩圖、齒輪韋恩圖

圖表顏色

支持按分組自定義配色

衍生圖表類型:

  • 花瓣圖:適用于5個以上數據集的交集關系,中心區域顯示所有集合共有的元素數量,外圍花瓣代表各樣本獨有的元素數量。

  • Upset圖:支持7組以上數據,通過矩陣點圖與柱狀圖的組合,量化展示多組數據的交集關系。

四、網絡熱圖

由熱圖和網絡圖組成,其中熱圖可展示組學內的相關性,而網絡圖可展示組學間的關聯性

豐度數據

1.按照需求添加Node節點

2.提供距離算法:bray、manhattan、euclidean、canberra、bray等10種方法

3.檢驗方法:mantel、mantel.randtest、mantel.rtest、mantel.partial

因子數據

1.標準化:是否標準化

2.提供距離算法和相關性算法

熱圖圖表

可設置熱圖位置(右上角或是左下角),通過格子大小、顏色等方式表示相關性

顯著性標簽設置

標簽類型:支持星號+r值、星號、無;可調整標簽大小和顏色

五、KEGG富集分析

富集分析是生物信息學中用于解析基因功能、揭示生物學過程和通路的重要方法。

柱狀圖:縱坐標為GO Term,橫坐標默認為GO Term富集的-log10(p-value),可選擇p-adjust或差異基因(DEG)數目進行展示。

圖表顏色

下拉切換不同色卡運用圖表,還可編輯色卡顏色

圖表類型

垂直/水平柱狀圖

圖表寬高

可靈活調整寬高,用來滿足繪圖需求

因子圖:橫坐標為富集因子(rich factor),縱坐標為GO Term,圖中點的大小表示相應Term中富集到的差異基因數目,顏色的深淺表示顯著性水平高低。

圖表顏色

可切換不同的色卡,運用在圖表上

寬高系數

對于有標簽遮擋的地方,可調整圖表的寬高進行合理展示

檢驗方法

BH、Bonferroni、Holm

通路數目

根據提供的參考范圍,合理的輸入數值

六、交互PCA圖

對多個變量進行降維后提取幾個特征變量。

圖表顏色

可切換不同的色卡,運用在圖表上

圖表樣式

添加網格線、原點輔助線、添加中心點連線、添加邊框

圖表類型

散點圖、按組連線、置信橢圓

點的樣式

點的形狀與大小

衍生圖表類型:

  • 3D主成分圖:展示前三個主成分,信息更豐富。

  • 主成分圖:對多個變量進行降維后提取幾個特征變量。

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