一、技術演進:從全局圖譜到單細胞精度
空間轉錄組技術(空轉)已成為生命科學研究的"明星工具",能夠在保留組織原位信息的同時解析基因表達空間異質性。目前主流平臺包括10× Visium系列、10× Xenium 及華大Stereo-seq,各具技術特色與適用場景。
二、五大平臺核心技術特點對比
三、關鍵技術突破解析
Visium V2 + Cytassist:FFPE樣本的革命性解放
自動化轉移技術:將普通玻片上的樣本轉錄組自動轉移到Visium芯片;
探針升級:90%基因設計三對探針,靈敏度提升10倍;
大視野支持:11×11mm2捕獲區域覆蓋完整病理結構。
Xenium:亞細胞精度的"顯微CT"
可精準定位單分子RNA,尤其適合神經突觸、腫瘤微環境等精細結構研究。
華大Stereo-seq:全景成像
厘米級視野(最大13cm×13cm)+500nm分辨率,兼顧宏觀組織與細胞級精度,適用于胚胎發育、植物整體器官等大尺度研究。
四、如何選擇平臺?四大場景推薦
臨床回顧性研究(FFPE樣本)
首選10× Visium V2 Cytassist
支持石蠟包埋、染色切片,質檢門檻低(DV200>30%)。
案例:人腦膠質瘤研究成功解析5年存檔樣本。
高分辨率需求(單細胞/亞細胞級)
選Xenium
適用場景:腫瘤異質性、神經元網絡。
大組織塊全景分析
選華大Stereo-seq
案例:小鼠胚胎發育圖譜、植物光合作用空間模型。
五、未來趨勢
華大時空轉錄組FFPE產品方案重磅發布:編碼及非編碼RNA共捕獲!
利用“隨機探針”對FFPE樣本中組織細胞內的Total RNA分子進行原位捕獲,并通過空間條形碼(Coordinate ID,CID)還原回空間位置,可實現全物種全轉錄組空間表達圖譜的構建。
利用StereoMap可視化分析工具,用戶可進行真正的空間單細胞水平分析。同時,全新的StereoMap還支持第三方細胞分割工具,以滿足復雜且多樣化的科學研究需求。
結 語
空轉技術的選擇需緊扣科學問題本質:
問"細胞如何互作"? → 選高分辨率(HD/Xenium)
問"組織區域功能"? → 選大視野(Visium V2/Stereo-seq)
問"臨床樣本怎么辦"? → Cytassist解鎖FFPE無限可能
精準匹配技術優勢與生物問題,揭開空間生物學的新維度!