1、什么是轉錄組富集分析？
轉錄組富集分析是通過生物信息學方法，從海量基因中挖掘出顯著富集的生物學功能、信號通路或調控網絡的過程。簡單來說，富集分析可以幫助解釋這些基因究竟在細胞中做什么。
分析類型：
GO富集分析｜KEGG富集分析｜DO富集分析｜Reactome富集分析｜DisGeNET富集分析｜GSEA分析
2、為什么要做富集分析？
從數據到生物學意義的轉變：差異基因列表無法解釋機制，富集分析可以揭示其潛在的生物學功能。
縮小研究范圍，助力潛在靶點挖掘：基因數量較多，可以通過富集分析找到關鍵通路，通路中關鍵分子可能是潛在的生物標志物。
提出假說：為后續實驗指明方向，指導進一步實驗設計。
3、富集分析結果怎么用？（派森諾項目文章應用）
(1)氣泡圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1128/spectrum.02438-22）
文章通過kegg和GO富集分析氣泡圖展示了差異基因最顯著富集的top30 pathway和term，并且這些pathway和term與白色念珠菌的核糖體生物合成、代謝等相關，RNA測序結果表明HAL-ES通過破壞白色念珠菌中鋅的穩態來抑制核糖體生物合成，從而減少蛋白質合成過程中的翻譯過程。
(2)柱狀圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.foodchem.2022.134655）
文章通過GO富集分析發現各比較組中顯著富集term高度相似，kegg富集分析結果表明DEGs主要與氧化應激和凋亡有關，進一步探索其機制，發現HMG對氧化損傷細胞的保護作用可能與Keap 1-Nrf 2-ARE信號通路有關。
雙向條形圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1038/s41564-023-01379-x）
文章分別對上下調基因做富集分析選擇top10 term繪制雙向條形圖，上調基因主要富集到丙酮酸代謝、抗氧化劑等條目上，而下調基因主要富集到跨膜轉運、轉運體活性等條目上，進一步分析表明被抑制的轉錄本主要與真菌毒素生物合成、效應子、病原-宿主相互作用等過程相關。
(3)圈圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.psj.2024.104347）
文章通過GO和KEGG富集分析來分析DEG的生物學功能，GO結果表明GAstV-2可以通過在感染的早期階段抑制宿主細胞內的細胞組分、分子功能和生物學過程來增強病毒復制，KEGG富集分析結果表明與穩態和獲得性免疫相關的基因上調多于下調。
(4)富集得分圖
GSEA單通路富集得分圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1002/advs.202306428）
文章通過GSEA分析發現與動脈發育、骨發育和骨重建相關的基因在P80/D10/M10中顯著富集，結合前期動物實驗證實，P80/D10/M10能夠提供骨友好的微環境，以促進骨再生，總體而言骨微環境階段調節支架為骨缺損修復提供了一種有前途的治療方法。
GSEA多通路富集得分圖
（原文鏈接：//doi. org/10.1186/s12864-022-09100-8）
(5)弦圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.169302）
文章通過KEGG富集分析選擇最顯著的10條通路與DEG繪制弦圖，KEGG主要富集到鐵死亡、視黃醇代謝、細胞粘附分子、程序性壞死等通路上，另外顫藻和銅綠微囊藻調控的特異性分子途徑存在差異，揭示了兩者不同的毒性機制。
(6)Ko通路圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.jphotobiol.2022.112573）
文章重點將VEGF通路和精氨酸-細胞因子受體相互作用通路用Ko通路圖重點展示出來，并且圖上可以標注差異基因富集節點，可通過該圖展示通路中的關鍵因子。
4、常規富集圖太單調？試試下面的高級繪圖
多比較組氣泡圖
（原文鏈接： //doi.org/10.1038/s41392-024-01859-4）
（原文鏈接：//pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c00032.0）
柱狀圖-氣泡圖組合圖
（原文鏈接：//pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c00032.0）
柱狀圖-折線圖組合圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.160222）
（原文鏈接：//doi.org/10.1186/s13054-023-04412-x）
散點氣泡圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.164844）
網絡圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1002/advs.202500032）
以上均為小派項目文章結果圖，如老師有更加美膩的圖，也可帶圖來咨詢小編，期待老師的“騷擾”。
