2025-04-09
您正在苦惱腫瘤組織等低微生物載量樣本挖掘微生物信息檢出困難嗎？
您正在苦惱 FFPE等存在 DNA降解的樣本 不容易擴增到微生物嗎？
不必再苦惱！
5R 16S rRNA基因微生物多樣性組成譜項目解決您的問題！
下面跟著小派一起看看5R 16S rRNA基因微生物多樣性組成譜項目新品細節吧!
技術原理
5R 16S微生物多樣性測序是通過對16S rRNA基因上的特定區域(V2、V3、V5、V6、V8)進行多重PCR擴增和測序，搭配Short MUltiple RegionsFramework (SMURF)算法[1]，實現對微生物物種的高覆蓋率和高分辨率檢測，尤其適合于低微生物載量和存在部分DNA降解的樣品微生物檢測[2]。
圖1 細菌16SrRNA基因的圖形表示及其保守(藍色)和可變(黃色)區域[2]
圖2 16S單區測序、雙區測序、5R 16S測序覆蓋率與分辨率對比[1]
技術特點
覆蓋區域長
5R 16S測序可以覆蓋16S rRNA基因的5個區域，約68%的16S全長序列。
分辨率高
5R 16S測序的分辨率可以到“種”水平。
靈敏度高
5R 16S測序可以適用于低微生物載量樣本（如臨床組織、血液等）的菌群檢測。
樣本寬容度高
5R 16S測序可以適用于降解樣本（如FFPE樣本）的菌群檢測。
技術差異
表1 16SV3-V4測序與5R 16S測序技術差異
實測數據對比
我們對比了同一份小鼠肺組織樣本分別用16S雙區測序和5R 16S測序的物種組成結果。實測結果表明，豐度排名前6的物種結果顯示，V3-V4結果中存在較多環境污染菌，5R檢測能夠更加全面的檢測出小鼠肺組織中的微生物。
圖 16S雙區測序與5R 16S測序實測結果對比（左：16S V3-V4物種組成結果；右：5R 16S物種組成結果）
常見樣本送樣要求
參考文獻
[1] Nejman D, Livyatan I, Fuks G, Gavert N, Zwang Y, Geller LT, Rotter-Maskowitz A, Weiser R, Mallel G, Gigi E, Meltser A, Douglas GM, Kamer I, Gopalakrishnan V, Dadosh T, Levin-Zaidman S, Avnet S, Atlan T, Cooper ZA, Arora R, Cogdill AP, Khan MAW, Ologun G, Bussi Y, Weinberger A, Lotan-Pompan M, Golani O, Perry G, Rokah M, Bahar-Shany K, Rozeman EA, Blank CU, Ronai A, Shaoul R, Amit A, Dorfman T, Kremer R, Cohen ZR, Harnof S, Siegal T, Yehuda-Shnaidman E, Gal-Yam EN, Shapira H, Baldini N, Langille MGI, Ben-Nun A, Kaufman B, Nissan A, Golan T, Dadiani M, Levanon K, Bar J, Yust-Katz S, Barshack I, Peeper DS, Raz DJ, Segal E, Wargo JA, Sandbank J, Shental N, Straussman R. The human tumor microbiome is composed of tumor type-specific intracellular bacteria. Science. 2020 May 29;368(6494):973-980. doi: 10.1126/science.aay9189. PMID: 32467386; PMCID: PMC7757858.
[2] Fuks G, Elgart M, Amir A, Zeisel A, Turnbaugh PJ, Soen Y, Shental N. Combining 16S rRNA gene variable regions enables high-resolution microbial community profiling. Microbiome. 2018 Jan 26;6(1):17. doi: 10.1186/s40168-017-0396-x. PMID: 29373999; PMCID: PMC5787238
